据台湾媒体报道，震灾中，台南市1处肉鸡场确诊感染H5禽流感核酸病毒，台南市动保处11日前往扑杀5847只白肉鸡；动保处表示，6日强震摧残，畜产损失部分达新台币亿元以上。

据报道，台南市动保处表示，这个白肉鸡场位于台南市安南区，春节前接获兽医师通报，出现异常死亡情形，立刻进行移动管制并采样送验，10日确诊为H5禽流感核酸病毒阳性，11日进行扑杀作业，完成后，针对扑杀场进行全场喷雾消毒。